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Metagenomics Analysis

宏基因组分析解决方案

宏基因组简介


宏基因组学(Metagenomics)又叫微生物环境基因组学、元基因组学。它通过直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,构建宏基因组文库,利用基因组学的研究策略研究环境样品所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能。它是在微生物基因组学的基础上发展起来的一种研究微生物多样性、开发新的生理活性物质(或获得新基因)的新理念和新方法。其主要含义是:对特定环境中全部微生物的总DNA(也称宏基因组,metagenomic)进行克隆,并通过构建宏基因组文库和筛选等手段获得新的生理活性物质;或者根据rDNA数据库设计引物,通过系统学分析获得该环境中微生物的遗传多样性和分子生态学信息。

服务内容


微生物多样性、 种群结构、 进化关系、 功能活性、 相互协作关系及与环境之间的关系等分析,例如测序原始数据的预处理和质量控制,组装和基因预测;基因高级功能注释,独力因子注释,抗性基因注释,物种丰度注释和其他功能注释;组成分析(包括物种/功能相对丰度分析,物种/功能丰度聚类热图,物种/功能PCA/NMDS分析,物种三元相图分析和代谢通路分析);差异分析(包括样品聚类分析,Anosim,MRPP和Adonis等分析)以及其他个性化分析(包括CCA/RDA分析,分泌蛋白预测,病原与宿主互作注释和Genome binning)等。


整体解决方案和部分结果展示